民國前17年(西元1895年)，本監創設於臺南市西南隅，原名為「臺南監獄署」，係利用原遜清末年之軍火庫房改建而成。民國前12年12月，臺灣總督府修正監獄官制，易名為「臺南監獄」。民國13年1月，易名為「臺南刑務所」。台灣光復後，政府接管，於民國35年3月16日易名為「臺灣第三監獄」。民國36年4月1日，依臺灣高等法院訓令全省各監獄名稱以其所在地命名，本監再易名為「臺灣臺南監獄」，後因監內建築房舍、設施老舊，且位處臺南市區中心，影響受刑人之矯正及行刑績效，遂於民國69年在臺南縣歸仁鄉武東村現址購得民有土地30餘公頃，做為遷建用地，於民國70年動工，72年4月26日落成啟用，新監環境優雅，建築新穎，符合現代行刑政策的需求。 民國100年1月1日法務部矯正署成立，本監奉令改制為「法務部矯正署臺南監獄」。

本監景觀本監在建築方面：全監共計有獨居房143間，雜居房470間，懇親宿舍20間，私立進修學校1棟(教學教室8間、技訓教室5間，圖書室、校史館、陳列室、音樂教室、視聽教室各1間，工場23間。 本監收容對象：奉法務部核定為重刑及普通累、再犯監，收容累、再犯男性受刑人為原則，並自92年11月1日起兼收容其他符合移監作業要點規定之男性受刑人，核定容額為2863名。

    近年來臺灣毒品日趨氾濫猖獗，在監執行之受刑人有半數以上為毒品犯，使矯正業務更形艱巨，為了加強對毒品犯之矯正工作，奉法務部指示乃於82年9月底決定撥用臺南縣山上鄉「臺灣明德外役監獄」內土地籌建「明德戒治分監」，並於83年4月18日由行政院主計處通過簽撥83年度第二預備金，本監始著手發包興建第一期工程，計舍房6棟可收容戒治受刑人60名，民國83年11月14日啟用收容，84年度核准預算發包興建第二期工程，計有舍房20棟，可收容戒治受刑人240名，於84年10月20日啟用。現有員額為監長1名，教誨師2名、戒護股長1名、戒護人員20名、個案管理師1名，總計25名。